Artenschutz
Für gefährdete Arten in Europa gibt es spezielle Zuchtprogramme, die auch als EEP und ESB bezeichnet werden. EEP steht hier für European Endangered Species Program. Im Rahmen eines EEP werden die Tiere aktiv mit anderen europäischen Zoos ausgetauscht, um die Arten in den Zoos zu erhalten und die Artenreinheit und genetische Vielfalt der Population zu gewährleisten.
Koordinatoren
Jedes Zuchtprogramm hat einen Koordinator, der alle Aufzeichnungen führt und die Sammlung der jeweiligen Art verwaltet. Gemeinsam mit einem Fachausschuss berät der Koordinator auch darüber, welche Tiere gemeinsam Nachwuchs bekommen können und ob und welche Tiere in andere Zoos umziehen sollen.
Programm
Der AquaZoo Leeuwarden nimmt an den EEPs für folgende Tiere teil: Gelbbrustkapuzineraffen, Eisbären, Rote Pandas, Afrikanische Pinguine, Humboldt-Pinguine, Riesenflussotter, Weißgesichtslemuren, Krauskopflemuren, Weißhalskraniche, Gibbons, Ringelschwanzlemuren, Pinseläffchen, Südamerikanische Tapire, Vikunjas und Chinesische Kraniche.
Neben dem EEP-Programm nimmt der AquaZoo auch am ESB-Programm (Europäisches Zuchtbuch) für Rote Riesenkängurus, Südamerikanische Seebären, Hammerhaie, Tammar-Wallabys, Sumpf-Wallabys, Azara-Agoutis, Weißflügel-Waldenten und Faultiere teil.
Der AquaZoo ist der Koordinator des Sumpf-Wallabys.