Een boomstekelvarken vrouwtje is één keer per jaar vruchtbaar. Mannetjes vechten met elkaar om te bepalen wie er met het vrouwtje mag paren. Ze bijten elkaar en gebruiken hun stekels. Het mannetje dat heeft gewonnen doet daarna iets heel bijzonders. Hij plast over het vrouwtje heen. Hiermee laat hij aan iedereen weten dat dit vrouwtje van hem is.
Over het algemeen leeft het Noord-Amerikaans boomstekelvarken alleen. Ze slapen in holen onder een rots of in een holle boom. In de winter zoeken boomstekelvarkens elkaar op. Ze delen dan een hol en liggen warm tegen elkaar aan. Boomstekelvarkens houden geen winterslaap. Als het heel koud is blijven ze wel in het hol totdat het beter weer is.